Proteinforschung Ein Zentrum der Bioinformatik
Seit 2015 engagiert sich die RUB in einem nationalen Verbund für eine professionelle Bioinformatik-Infrastruktur in der Proteinforschung. Im Projektabschlussjahr richtet das Bochumer Team noch eine Summer School aus.
Mit Hochdurchsatzmethoden können Forschende mittlerweile die Protein- und Lipid-Ausstattung sowie kleinere Stoffwechselverbindungen analysieren. In den sogenannten Omics – den Wissenschaften Proteomics, Lipidomics und Metabolomics – fallen große Datenmengen an, die mit bioinformatischen Analysen ausgewertet werden müssen. Expertinnen und Experten dafür gibt es am Medizinischen Proteom-Center (MPC) der RUB im Team von Privatdozent Dr. Martin Eisenacher. Die Gruppe ist Teil des deutschen Bioinformatik-Netzwerks de.NBI, das gefördert vom Bundesministerium für Bildung und Forschung seit 2015 umfangreiche Services in der Bioinformatik aufgebaut hat. Im letzten Jahr des de.NBI-Projekts organisieren RUB-Forschende gemeinsam mit Projektpartnern vom 27. bis 30. September 2021 eine Summer School.
Daran teilnehmen können Forschende aller Karrierestufen. Auf der digitalen Veranstaltung lernen sie Methoden kennen, um mittels Massenspektrometrie gewonnene Proteomics-, Lipidomics- und Metabolomics-Daten bioinformatisch und statistisch auszuwerten. „Diese Daten sind sich auf der Ebene der Rohdaten relativ ähnlich, daher ergibt es Sinn, sie gemeinsam auszuwerten“, sagt Karin Schork, Mitorganisatorin der Veranstaltung.
Europaweite Bioinformatik-Anlaufstellen
Das de.NBI-Projekt ist eingebettet in die europäische Dachinitiative ELIXIR, im Rahmen derer Anlaufstellen für Bioinformatik-Serviceleistungen in verschiedenen europäischen Ländern aufgebaut wurden. Innerhalb der deutschen Initiative haben sich acht Servicezentren gebildet, von denen die RUB das Zentrum „Bioinformatics for Proteomics (BioInfra.Prot)“ koordiniert. Die Zentren machen Software für bioinformatische Analysen verfügbar, beraten zur Datenauswertung und stellen Rechenleistungen bereit.
Zum Servicespektrum gehört auch ein breites Kursangebot, an dem sich die RUB rege beteiligt hat. Zwischen 2015 und 2020 hat das MPC-Team 20 Trainingskurse für 487 Teilnehmende zu unterschiedlichen bioinformatischen Themen ausgerichtet. Weitere Kurse sowie die Summer School und zwei User-Treffen kommen 2021 noch hinzu. Derzeit arbeitet das Projektteam mit der Universität und der Medizinischen Fakultät daran, die Beratungen, Auswertungen und Bereitstellung der Software auch nach Ende der offiziellen Projektförderung weiter verfügbar zu machen.
Die Medizinische Bioinformatik ist Teil des Kompetenzbereichs „Medizinische Proteomanalyse“ unter der Leitung von Prof. Dr. Katrin Marcus am PRODI, dem Zentrum für Proteindiagnostik, dessen Gründungsdirektor Prof. Dr. Klaus Gerwert ist.
