Medizin Core Unit Bioinformatics wird erweitert
Zusätzlich zur Proteomik rücken Genomik und Transkriptomik in den Fokus. Außerdem geht ein neuer Rechencluster in Betrieb.
Die Core Facility CUBiMed.RUB (für Core Unit Bioinformatics in der Medizinischen Fakultät der Ruhr-Universität Bochum) wurde 2022 mit dem Schwerpunkt auf der Proteomik gegründet. Ziel der Proteomik ist es, die Gesamtheit der Proteine innerhalb eines Gewebes oder einer Körperflüssigkeit zu messen und so Einsicht in die Entstehung oder den Verlauf von Erkrankungen zu erhalten. Mit der Erweiterung der Einrichtung bietet das Team jetzt auch Unterstützung bei Untersuchungen von DNA und RNA an, auch in Kombination mit Protein-Analysen. „So können wir zum Beispiel bei Mutationen der Gene auch untersuchen, welche Auswirkungen sie auf die Proteine haben, deren Baupläne in ihnen verschlüsselt sind“, erklärt Prof. Dr. Julian Uszkoreit, der die Core Facility zusammen mit Prof. Dr. Martin Eisenacher leitet.
Alle, die auf dem Campus Sequenzierungsdaten haben und auswerten wollen, sind eingeladen, sich an das sechsköpfige Team der Core Unit zu wenden. „Das können Leute aus der Biologie, der Medizin oder auch angrenzender Fächer sein“, so Julian Uszkoreit, „wenn wir Kapazitäten frei haben, helfen wir auch außerhalb der Fakultät und der Ruhr-Universität gerne weiter.“ Die Unterstützung umfasst Beratung zur bioinformatischen und statistischen Auswertung der Daten, angefangen bei der Planung von Experimenten über die Vorverarbeitung der Daten, statistische Analyse und die Erstellung von Grafiken, Interpretation der Ergebnisse, sowie die Unterstützung bei wissenschaftlichen Publikationen. Neben der Beratung werden auch Software-Tools und Workflows für verschiedene Anwendungsfälle zur Verfügung gestellt. Zudem bietet das Team Schulungskurse an.
Um die anfallenden großen Datenmengen effizient bearbeiten und speichern zu können, wurde ein neuer hoch performanter Rechencluster im Datacenter der Ruhr-Universität aufgebaut. Diese Ressourcen werden von den Mitarbeitern der Core Unit direkt verwendet, können aber auch Kooperationspartnern für die eigene Auswertung zur Verfügung gestellt werden.
