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Proteine übernehmen wichtige Funktionen im Körper beispielsweise als Enzyme oder Transportproteine. Ziel der Proteomik ist es, die Gesamtheit der Proteine innerhalb eines Gewebes oder einer Körperflüssigkeit zu messen und so Einsicht in die Entstehung oder den Verlauf von Erkrankungen zu erhalten. Außerdem können Proteine in Körperflüssigkeiten, beispielsweise Blut oder Urin, nachgewiesen werden und als Marker für die Frühdiagnose von Krankheiten wie Alzheimer, Parkinson oder verschiedenen Krebserkrankungen dienen.

Expertenwissen und Software-Tools

Bei solchen Messungen werden große Datenmengen generiert, die mit komplexen Algorithmen aus der Bioinformatik ausgewertet werden müssen. Hierfür sind sowohl das Wissen von Expertinnen und Experten als auch geeignete Software-Tools nötig. Die Forschenden an der im Rahmen eines Hochschulsondervertrages neu entstehenden Core-Facility der Medizinischen Fakultät „Core Unit Bioinformatics Medicine“, kurz „CUBiMed.RUB“, beschäftigen sich unter anderem mit dem Thema „Bioinformatik für Proteomik“. Der Forschungsbereich unter der Leitung von Prof. Dr. Martin Eisenacher stellt in enger Zusammenarbeit mit dem Medizinischen Proteom-Center (Institutsleiterin Prof. Dr. Katrin Marcus) Services und Tools zur Verfügung, die Forschende bei ihrer Arbeit unterstützen.

Das Team, das sich um die neue Core Facility kümmert: Karin Schork (oben links), Martin Eisenacher (oben rechts), Maike Weber (unten links) und Dirk Winkelhardt (unten rechts)

© Medizinische Fakultät der RUB

Ein Service ist die Beratung zur bioinformatischen und statistischen Auswertung der Daten. Diese umfasst unter anderem die Planung des Experiments, Vorverarbeitung der Daten, statistische Analyse und die Erstellung von Grafiken, Interpretation der Ergebnisse, sowie die Unterstützung bei wissenschaftlichen Publikationen. Neben der Beratung werden auch Software-Tools und Workflows für verschiedene Anwendungsfälle zur Verfügung gestellt. Eine weitere Kernaufgabe des Teams ist die stetige wissenschaftliche Weiter- und Neuentwicklung von Tools, um die Massenspektrometrie-Technik voranzutreiben. Dazu werden das Feedback und die Expertise der Anwendenden aufgegriffen. Für die angebotenen Tools, aber auch zur statistischen Auswertung der Daten finden regelmäßig grundlegende und fortgeschrittene Trainingskurse statt, die sowohl für Promovierende als auch für Postdocs geeignet sind.